主要有以下五点不同：
（1）立卷单位不同。文书档案一般是以问题、作者、名称、地区、时间、收发文机关等特征为单位立卷：而干部人事档案则是以全部文件、材料涉及个人这一特征立卷。
（2）整理和管理方法不同。文书档案的整理按年度、组织机构、问题等分类方法分成不同类别，再按问题、时间、名称、作者等特征组成案卷，根据价值划分为永久、长期、短期三种保管期限，在本单位文书档案室进行保管，并定期向上级档案馆移交：而干部人事档案的整理是以个人为主体，各类材料（现规定为10类）组合而成的，并由各级党委组织、干部人事部门所属干部人事档案管理部门长期保管，直到死亡后按规定期限移交各级档案馆（室）保管。
（3）真实性含意不同。文书档案的真实性是要真实反映历史全过程，对那些由于人们认识水平的局限和政治斗争等复杂原因而形成不符合客观实际的文件、材料，也要保存下来。如十年浩劫中的诬蔑不实，因为记载了当事人的意图，留下了当事人行为的痕迹，反映了当时历史情况，仍然为真实的历史记录，对清查处理林彪、江青反革命集团及与此有牵连的人和事，总结历史经验教训，具有重要凭证和参考作用，因此要全部保存起来；而干部人事档案真实性，则要求客观地、实事求是地反映干部本来的真实面貌，凡经过组织审查，确属诬蔑不实的材料，必须从干部人事档案中清理出去。
（4）作用和服务方向不同。文书档案是面向社会的，可作为行政工作的凭证，生产建设的依据，科学研究的资料，法律的信证等，便于党和国家各项事业所利用，甚至可为社会个人利用，但它不能起到考察干部的作用。中央有关文件明确规定，“文革”期间形成的文书档案凡涉及到个人问题材料，不应作为考察干部的依据。考察干部历史应以干部人事档案中的结论材料为依据。而干部人事档案则主要为党的组织、干部人事部门，为干部人事工作服务，为考察任免干部，选拔优秀人才服务，因此它不能向社会公开。
（5）保管形式不同。文书档案不因人的变动而转递，它永远保存在每个单位的文书档案室；而干部人事档案要随着人员调动或流动、职务的变化而转递。
