将档案从库存资料转换成数字信息资源的过程中，数字档案馆应用系统发挥着核心作用。数字档案馆的应用系统是一个可扩展的网络应用系统，其功能涵盖对档案的数字化加工、对数字档案信息的采集、处理、存储、归档、组织、发布及利用的全过程，具有可扩展性和实用性的特性。按照档案信息的数据流向，应用系统分为以下几个模块：
（一）信息采集模块
该模块主要负责各种数字档案信息的采集并将其输入档案信息资源库，数字档案信息的来源包括电子文件接收、馆藏档案数字化、网络信息搜索三个部分。遵照系统性和规范性原则，对于采集来的数字化档案信息要经过三个步骤的操作才能进入档案信息资源数据库：第一，对其进行初步鉴别，去粗取精，去伪存真，以保证信息资源入库质量；第二，对其进行标准化转换，包括电子文件元数据标准化和各专业单位信息格式标准化；第三，对其进行类别确定，即将其依类别放入系统的目录结构中，以便系统的管理利用。
（二）信息整理模块
该模块主要负责对归档的档案信息进行整理、分类、维护等处理，使这些档案信息有序化、规范化。具体的工作包括：元数据著录，分类号、主题词标引，原始档案著录，目录管理，档案辅助鉴定，报表打印，信息统计等功能。
（三）信息存储模块
该模块主要负责对数字档案信息进行分类存储、安全存储与长期存储。数字信息可按不同类型存储在各类数据库和文件系统中，其中目录数据可存储在关系型数据库中，全文信息可采用文档数据库或文件系统存放，音频和视频信息可以采用对象数据方式存储。此外，还要对数字档案信息进行冷备份、热备份和异地存储，要采用镜像站点和集群服务器技术，这样才能保证在设备发生故障或其它危险时保证数字档案系统的正常运行与信息安全。
（四）信息利用模块
该模块主要负责数字档案信息的有效利用。政务网、内部网与公众网的用户在任何时间、任何地点都能方便地获得权限许可的档案信息。档案利用模块包括档案信息开发子模块、档案信息检索子模块、档案信息发布子模块及用户个性服务子模块。
（五）系统维护模块
该模块主要负责维护数字档案信息系统的正常运行，保证数字档案信息安全。数字档案馆的建设不同于数字图书馆之处就是某些档案信息具有保密性。因此，数字档案馆的系统安全尤为重要。根据国家保密局《涉及国家机密的计算机信息系统安全方案设计指南》的要求，系统的安全保密应包括：物理安全、网络运行安全、信息安全保密和安全保密管理。
