纸质档案在遭受水淹之后，必须立刻抢救，否则容易霉烂。应尽快降低水淹档案环境的温度，加快空气流动，然后采用冷冻、去污、干燥、消毒等方法加以处理。
1、冷冻
将纸质档案用冷冻纸、蜡纸或硅纸包起来，并标明档案名称、卷宗号码、原放置的地点。随后放在坚固的硬纸盒或塑料盒中送入冷柜。冷冻的温度低于-29℃。以使水淹档案尽快地处于稳定状态，制止档案发生变形和变质。
2、去污（清除污泥）
清除泥污前，首先应该鉴别字迹的耐水性，然后根据情况分别处理。
对水溶性字迹的档案，用聚脂胶片轻轻刮除纸张上的污泥，然后将其分散成单页，放置于阴凉处干燥。定时将其沿装订处慢慢卷一次，再翻过来卷一次，反复进行几次，待其全部晾干后，用小刀轻轻刮去纸上的污泥，再用排笔顺一个方向刷去浮土。
对字迹不溶于水的档案，可将其浸泡在干净的清水中，用海绵在水中轻轻擦去污泥。然后换净水，再进行一次，最后在流动水中清洗一遍，取出后放在吸水纸上进行干燥。
3、干燥
干燥主要有自然干燥法、去湿机减湿干燥法、真空冷冻干燥法、远红外干燥法和常温低压干燥法。无论采用哪种干燥方法，都不能够损坏档案制成材料。因此切不可把水淹档案放在阳光下暴晒，以防止阳光中的紫外光加快纸张中纤维素的水解和光降解速度，损害纸张的寿命。
4、消毒
水淹纸质档案极易长霉，要及时进行消毒处理。
①水灾现场消毒处理。可用百里酚药剂对水淹档案现场进行喷雾，以防止水淹档案大面积长霉。
②大规模消毒。用甲醛溶液等药剂对经过干燥后的纸质档案进行熏蒸消毒。也可在纸质档案干燥前，用百里酚药纸夹入档案内。
消毒后的纸质档案有的还可能长霉，入库前可将该部分档案放在温度18℃、相对湿度35-45％环境中，观察是否有长霉现象。受潮干燥后的纸质档案，一般应观察6个月左右。入库后在一年之内还要进行抽查和监测，随时注意是否有霉变发生。
